元朝末年，官府统治黑暗腐败，终于大局糜烂，不可收拾。各地百姓不堪残暴压榨，纷纷揭竿而起，群雄相争，尚不知鹿死谁手。
当时有名士施耐庵，生而好学，博古通今，他痛恨元帝残暴，常年游走四方，联络各地义军，谋划抗元大业。
某日，施耐庵被元兵追捕，独自逃入深山，结果迷失道路，环视四周，所见尽是危石奇峰，绝无人迹，心里甚是惶恐，莽莽撞撞地走了半天，途中见有一个少年乞丐饿倒于路边，眼看就要饿死了。
施耐庵心地仁厚，便将身边仅有的半块干粮给他喂下。那乞丐跪地感谢救命之恩，然后与施耐庵二人结伴寻找出山的路径。走到深夜里，发现山林中有座破庙，两人又饿又冷，凄惶之际，只好栖身在破庙泥胎中过夜。
施耐庵刚刚睡着，忽听庙里窸窸窣窣有脚步声响起。他以为是元兵追至此地，大气也不敢出，从泥胎缝隙里偷眼观瞧，就见两位赤瞳黄衫客，正在灯烛下对弈，身后各有侍童数人，执礼甚恭。
施耐庵担心惹祸上身，不敢露面，继续藏身在泥胎中窥探，却听那两位黄衫客纵论古今得失成败，言辞古意昂然，高谈阔论，无不尽中机宜，再看棋局间往来纵横，似乎暗合兵法，神妙无方，常人难测其奥。
施耐庵大为叹服，知道是遇到了世外高人，连忙从泥胎中爬将出来，拜见那二位黄衫客，恳请收纳为徒，传授兵法古术，用以匡扶天下。
那两个黄衫客见状并不惊讶，当即请施耐庵落座。他们自称其祖辈乃是春秋战国时鬼谷子门下，历代隐居于此山，有许多年不见外人了，而今有人误入山中，也是机缘难得，看来天下大变在即，合该兵家出世定乱。于是取出一捆竹简，告之施耐庵：“此乃兵家秘诀，分为形势、技巧、权谋三篇，内合阴阳术数，蕴涵天地形势变化，暗藏扭转乾坤之机，如能领悟其中一篇奥妙，当有九五之尊。”
施耐庵忙说：“我一介布衣，从不敢有非分之想，只求能够辅佐贤明圣主，推翻元人暴政，以解天下苍生倒悬之苦。”
那两个黄衫客闻言怪笑了几声，当场将竹简尽数相授。施耐庵再次拜倒叩谢，随后在灯下翻阅“兵家秘诀”，越看越是入迷，浑然忘却了身外之事。
蓦地里一阵山风将庙门推开，顿时寒意袭人。施耐庵周身打了个寒战，等他抬起头来，却不见了那些人的踪影。此时天色破晓，晨雾中只见有一群长臂苍猿，正自穿林越涧而去，为首两头巨猿都是赤瞳黄背，空山沉寂，猿声转瞬间已在数里之外了。
施耐庵心中惊疑不定，站在破庙中茫然若失，还没回过神来，忽然脑后被人狠狠打了一记闷棍，当即昏倒在地，等醒来之后，发现脑袋上满是鲜血，“兵家秘诀”不翼而飞，而那个躲在泥胎中的少年乞丐，也早已不知去向。
施耐庵心知是那乞丐恩将仇报，趁己不备，盗走了竹简兵书，未承想世间竟有如此狼子野心之辈，不由得追悔莫及，却也无可奈何。好在施耐庵已将“兵家秘诀”尽数记在脑中，当下匆匆忙忙离了荒山野岭，后来他怀抱宏愿，投奔到农民起义军张士诚帐下，充为军中幕僚，谋划了许多攻城夺地的奇计妙策。却因张士诚居功自傲，独断专行，亲信佞臣，疏远忠良，施耐庵几次谏劝，张士诚都不予采纳，于是愤然离开平江，此后心灰意冷，浪迹江湖。许多年后他才知道，当初自己在深山里搭救的少年乞丐，正是大明朝的开国皇帝朱元璋。
原来濠州有个出身贫苦的朱元璋，幼时名为朱重八，靠给大户人家放猪放牛为生。元顺帝四年淮北蝗灾，赤地千里，百姓易子而食。十六岁的朱元璋孤苦无依，成了一个流落乡野的乞丐。
有一次朱元璋饿倒于深山，被救后不思报答，反而恩将仇报盗走了“兵家秘诀”，以为从此就能当上皇帝。可竹简上面字迹古朴，难以辨识，就揣在怀中，回到市上请人解读，不过文意深奥，朱元璋大字认不了几个，哪里读得明白？留下来既不当吃也不当穿，还不如换几个钱饱餐一顿，但他想到如今天下动荡，正值英雄豪杰建功立业之秋，大丈夫岂可不动一念，这“兵家秘诀”迟早会有用武之地，于是藏带在身，秘不示人。
此后朱元璋到黄觉寺出家当了和尚，每日带上木鱼、瓦钵，到处游方化缘，终于找机会投奔义军，并以战功连续升迁，逐渐形成了自己的势力。他听闻刘基刘伯温有文经武纬之才，就想请其出山，共谋大业，为了表示诚意，不惜以部分“兵家秘诀”相授。
刘伯温深感其德，从此充为军师，追随左右，屡次献出奇谋良策，使义军取襄阳，收滁州，平芜湖，克太平，以摧枯拉朽之势，横扫长江两岸，诛灭张士诚、陈友谅，然后挥师北上，直取大都，将元顺帝逐回漠北，终于建立了不世之功。
朱元璋出身草莽，以徒手夺取天下，从一介放牛童当上了开国的太祖皇帝，自然对那些用兵如神、精通谋略的开国元勋深为忌惮，唯恐朝中有人起兵造反，所以刘伯温虽以大功，只封伯爵。但最使朱元璋感到不安的，还是当年救他的那位恩公，他十分后悔当初行凶时做贼心虚，手底下有些发软，以致留下了隐患。
朱元璋担心竹简兵书落入别人手中，早已将竹简付之一炬，可一想到世间还有某个人掌握着“兵家秘诀”，便寝食难安。但他并不知道施耐庵的身份姓名，时隔多年，也无法再按当年的形貌缉拿此人，于是暗中颁下密旨，命各地严加搜捕“兵家秘诀”的传人。
却说施耐庵浪迹天涯，多年隐居不出，因感时政衰败，作《江湖豪客传》寄托心意。不料此书被洪武皇帝看到，惹得龙颜大怒，认定是宣讲谋逆做乱之道，就勒令地方官员，将施耐庵问罪下狱。
施耐庵的门生罗贯中，早年间有志图王，也曾投奔张士诚及刘福通参加起义军，但未遇明主，都没能得到重用，只得遁隐江南，以撰写戏曲平话为生。在施耐庵下狱后，罗贯中求到刘伯温府上，望他念在旧日相识的分儿上设法相救。刘伯温当即上书请命，又劝施耐庵在狱中将《江湖豪客传》改为《忠义水浒传》，在八十回本之后另加四十回，专讲以宋江为首的草莽豪杰受了招安，报效朝廷，为国尽忠，才使得施耐庵免于一死。
施耐庵此时已经知道了朱元璋的身份，料想那洪武皇帝为人阴狠，又惯于猜忌，不愿像唐太宗一般与功臣同始同终，就算那些开国元勋想要急流勇退，恐怕也难得善终，今后朝廷中必然还有一场血腥浩劫。但大局已定，他身为一介草民，终无回天之力，只把“兵家秘诀”转授给罗贯中，嘱咐他妥善收藏，万勿失落，时移则事易，事易则备变，随后郁郁而终。
不出施耐庵所料，洪武皇帝果然开始大肆杀戮功臣，前后有四万多文臣武将遇害，军中为之一空，更不允许“兵家秘诀”留在世间。罗贯中暗恨朱元璋残暴狠毒，立誓让“兵家秘诀”流传后世，但朝廷上法度森严，明写兵书无异于自寻死路，况且也没有书商胆敢出版印制。
罗贯中心生一计，穷其毕生精力，将神妙无比的“兵家秘诀”分解开来，以明朝开国战例为素材，全部写入《三国志通俗演义》，全书借用三国时期复杂的政治军事斗争为背景，起自黄巾起义，终于西晋统一，书中褒刘贬曹，寄托了罗贯中师徒对仁君的向往，以及对奸雄的切齿痛恨。
这部暗藏“兵家秘诀”的《三国志通俗演义》，终于在嘉靖元年刊印出版，自此脍炙人口，广为传播，改编成评书戏曲的段落不计其数，却一直没有任何人察觉到被罗贯中隐匿在书中的“军事密码”。也正是由于这篇密码的存在，彻底颠覆了大明王朝的江山社稷。
转眼间时移物换，到了明朝末年，已是朝纲败坏，各地流寇蜂起，冲州撞府，势如席卷，内忧外患接踵而来。
清太祖努尔哈赤起兵攻明，八旗铁甲横扫辽东，消息传到北京，举国愤慨。大厦将倾的危难关头，天启皇帝授袁崇焕山海监军之职，筑宁远城，凭借壁垒坚固和红夷大炮，重挫八旗精锐。
袁崇焕认为八旗彪悍，来去如风，十分善于野战，但攻城战术有限，北骑尤惧大炮轰击，一遇坚城重炮便无可奈何，所以明军应当凭借火器，守而后战，坚壁固垒，避锐击惰，相机堵剿，可为取胜之道。他采用这一战术，先后取得了两次宁远大捷，预计数年之内即可收复辽东。
但这时候袁崇焕受到朝中奸党弹劾，不得不称病请辞，他回到北京叩见皇帝谢恩，心中不免感慨万千。返乡前无意获悉了一个惊天动地的大秘密，相传古时有“兵家秘诀”，神鬼不测其机，幽冥难穷其幻，罗贯中临终前留下一部手书原稿，比坊间刊印书籍，多出了一个关于汉代“传国玉玺”的古怪谜语，原来真正的“兵家秘诀”，都被他用暗语写在《三国演义》的字里行间。后汉三国时期，各路诸侯讨伐董卓时，率先攻入洛阳城的孙坚，在井中得一宫女之尸身上有一红色盒子，匣中之物正是传国玉玺。之后孙坚之子孙策将玉玺献与袁术以借兵马。孙策用此玺从袁术处换来三千兵将，从而奠定了孙吴霸业之基。袁术称帝失败后，玉玺归属曹操。罗贯中所著《三国演义》中，凡是涉及传国玉玺的段落，都与他生前留下的谜语有关，谜语的答案即解读“兵家秘诀”的方法。此时关外女真与李自成都在暗中寻找这份手稿。
袁崇焕急忙写表上疏，禀告皇帝，女真八旗虽然狡猾悍勇，却不懂兵法中的诡变之道，所以明军扬长避短，凭坚城大炮可以稳中求胜，倒也不足为患。但坊间流传“话本三分”，详细描写了三国前后一百多年间的战争，这些具体的战役和战斗——“或是陈师百万，正面决战；或是小股设伏，暗中偷袭；或披坚执锐，冲锋陷阵；或运筹帷幄，决胜千里；或坚壁清野，以逸待劳；或一鼓作气，连续作战；或水淹、或火烧；或寡不敌众，或以少胜多；或先胜后败、或反败为胜；有将计就计，于中取事；有诈降投顺，内外夹击；有嫉斩谋士，也有七擒七纵、恩威并施；有空城退敌，有气杀统帅”。其中所藏之兵机权谋，何止千变万化，其手稿中更可能暗埋春秋战国时传下的“兵家秘诀”，若为关外女真所窥，实乃与虎添翼，恐怕终将成为我大明心腹之患，恳请圣上明察严防。
此时朝政紊乱，奸党横行，袁崇焕的奏折并未受到重视。几番明争暗夺之后，罗贯中的手稿终于落入盛京，随即被范文程破解了其中的秘密。皇太极正愁统兵的旗主贝勒们不懂汉学兵法，他知道昔日太祖皇帝在大明总兵李成梁府中为奴之时，就常读“三分”，后来在行军布阵中获益匪浅，但也仅得皮毛而已，今得体用之道，何愁大明不灭？当即命范文程将《三国演义》译成满文，更作详细分解，用做兵书。皇太极终于得其所助，使用反间计，让崇祯自毁长城，除掉辽东督师袁崇焕，扫平了八旗入关的最大阻碍。
此后清军铁骑入关，定鼎北京，八旗席卷南北，削藩平叛，出兵西北，收复台湾，抗击沙俄，功业泽被后世。历史潮流浩浩荡荡，转眼间又是风云变幻，世事几度起落浮沉，然而关于“兵家秘诀”的传奇，却连清宫最机密的档案里都没有留下任何记载，它仍旧默默无声地沉睡在《三国演义》之中。